O terceiro filme, Evangelion 3.0, saiu dos cinemas no dia 17 de abril, depois de ter faturado 5.260.000,000 ienes (cerca de 106 milhões de reais). O filme chegou nos cinemas japoneses em novembro e permaneceu no top 10 de maiores bilheterias do Japão até fevereiro. O filme já foi lançado em DVD e Blu-Ray sobre o nome de Evangelion: 3.33 You Can (Not) Redo.
O filme começa quatorze anos após o terceiro impacto, Shinji Ikari acorda em um mundo no qual ele não se lembra, sem ter envelhecido. Grande parte da Terra está em ruínas, a Nerv foi desfeita e as pessoas as quais ela protegia se voltaram contra ela. Após tornar-se amigo do misterioso Nagisa Kaoru, Shinji continua sua luta contra os anjos e nota que ela está longe do fim, mesmo podendo ser contra os seus antigos aliados. Os conflitos dos personagens continuam no meio das batalhas contra anjos e si mesmos, resultando no que poderia ser o inevitável fim do mundo.
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